Il Museo, per l'espletamento di tutta la sua funzione artistico-culturale, è gestito dalla Fundación Colección Thyssen-Bornemisza FSP , fondazione pubblica senza scopo di lucro, il cui scopo è la conservazione, lo studio, l'esposizione pubblica e la diffusione della collezione.

Lo Stato spagnolo ha acquisito la proprietà della Collezione nel 1993, dando così origine al cosiddetto Triangolo dell'Arte nel Paseo del Prado, un'area museale di Madrid che concentra il più importante patrimonio pittorico della Spagna e uno dei più importanti del mondo. Dal 2004 la Fondazione espone anche opere in prestito dalla Collezione privata della Baronessa Carmen Thyssen-Bornemisza.

Orari di raccolta permanente: Lunedì: dalle 12:00 alle 16:00. Dal martedì alla domenica: dalle 10:00 alle 19:00 (apertura gratuita).