El Museo, para el cumplimiento de toda su función artística y cultural,  está gestionado por la Fundación Colección Thyssen-Bornemisza F.S.P. , Fundación pública sin ánimo de lucro, cuyo fin es la conservación, estudio, pública exposición y difusión de la colección.

El Estado español adquirió la propiedad de la Colección en 1993 dando lugar así al llamado Triángulo del Arte en el Paseo del Prado, área museística de Madrid que concentra el acervo pictórico más importante de España y uno de los más importantes de todo el mundo. Desde 2004 la Fundación también exhibe obras en préstamo de la Colección privada de la Baronesa Carmen Thyssen-Bornemisza.

Horario colección permanente: Lunes: de 12:00 a 16:00. Martes a domingo: de 10:00 a 19:00 (apertura gratuita).