Le Musée, pour l'accomplissement de toute sa fonction artistique et culturelle, est géré par la Fundación Colección Thyssen-Bornemisza FSP , une fondation publique à but non lucratif, dont le but est la conservation, l'étude, l'exposition publique et la diffusion de la collection.

L'État espagnol a acquis la propriété de la Collection en 1993, donnant ainsi naissance au soi-disant Triangle de l'Art dans le Paseo del Prado, une zone muséale de Madrid qui concentre le patrimoine pictural le plus important d'Espagne et l'un des plus importants du monde. Depuis 2004, la Fondation expose également des œuvres prêtées par la Collection privée de la baronne Carmen Thyssen-Bornemisza.

Horaires de la collecte permanente : Lundi : de 12h00 à 16h00. Du mardi au dimanche : de 10h00 à 19h00 (ouverture gratuite).