Il Museo Navale è un ente culturale di proprietà statale, situato al primo piano del Quartier Generale della Marina, sul Paseo del Prado (Madrid), e gestito dal Ministero della Difesa attraverso la Direzione Generale dei Rapporti Istituzionali della Difesa: Sottodirezione Generale del Patrimonio Storico-Artistico; e dipendenza organica dell'Ammiraglio Capo di Stato Maggiore della Marina, retta da un Regio Consiglio di Fondazione al quale si applicano le disposizioni del Regio Decreto 620/1987, del 10 aprile, che approva il Regolamento dei musei statali.

La missione del Museo è quella di acquisire, conservare, ricercare, comunicare ed esporre a fini di studio, didattica e contemplazione, pezzi, scenografie e collezioni di valore storico, artistico, scientifico e tecnico relativi all'attività navale, al fine di divulgare la storia marittima di Spagna, contribuire a illustrare, evidenziare e salvaguardare le loro tradizioni e promuovere la consapevolezza marittima nazionale.