Le Musée Naval est une entité culturelle publique, située au premier étage de l'État-major de la Marine, sur le Paseo del Prado (Madrid), et géré par le Ministère de la Défense à travers la Direction Générale des Relations Institutionnelles de la Défense : Sous-direction Générale du Patrimoine Historique-Artistique ; et dépendance organique de l'amiral chef de l'état-major général de la Marine, régie par un Conseil d'administration royal auquel s'appliquent les dispositions du décret royal 620/1987, du 10 avril, qui approuve la réglementation des musées publics.

La mission du Musée est d'acquérir, de conserver, de rechercher, de communiquer et d'exposer à des fins d'étude, d'éducation et de contemplation, des pièces, ensembles et collections de valeur historique, artistique, scientifique et technique liés à l'activité navale, afin de diffuser l'histoire maritime de Espagne, contribuer à illustrer, mettre en valeur et sauvegarder leurs traditions et promouvoir la conscience maritime nationale.